Турбинная тяга - хорошо, а еще есть способ, который используется кальмарами. И их игровое подобие можно включить в двигательный отсек. Лодка тогда будет довольно дерганная, конечно, но мне отчего-то нравится.
А вообще, обязана ли лодка быть цельной? Может быть более оптимальным вариантом был бы рой косяк из подводных созданий? С возможностью размножения и взаимозаменяемыми ролями? Конечно, для наземных существ создание (подчинение) подобной колонии организмов намного сложнее, чем постройка субмарины, зато существование таких животных очень сильно облегчит вопрос погружения на большие глубины, скажем если колония в естественном виде мигрирует сверху-вниз и обратно.
Что же касается обеспечения давления, комфортного для млекопитающих, то это может быть достигнуто, скажем с помощью модификации особей, в природных условиях осуществляемой для сохранения "королевской" особи, менее устойчивой к перепадам давления и температуры.